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A transferência do trono português para o Brasil, em 1808, foi um dos acontecimentos mais destacados da história colonial brasileira. O pouco tempo que D. João VI e a família real permaneceram na Bahia, um mês e dois dias, foi o suficiente para que se registrassem alguns fatos de relevância nacional. Após abrir os portos do Brasil às nações amigas de Portugal, D. João VI assinou, em 18 de fevereiro de 1808, o documento que mandou criar a Escola de Cirurgia da Bahia, no antigo Hospital Real Militar da Cidade do Salvador, que ocupava o prédio do Colégio dos Jesuítas, construído em 1553, no Terreiro de Jesus.
Em 1º de abril de 1813 a Escola se transformou em Academia Médico-Cirúgica. Em 03 de outubro de 1832 ganhou o nome de Faculdade de Medicina, que guarda até hoje. Situada entre igrejas, conventos e casarões coloniais, o Brasil viu nascer sua ciência médica, conheceu grandes nomes - professores, cientistas e alunos - e concentrou uma grande parte de seu interesse na atuação profissional, social e política dos doutores da Faculdade. Muitas, entre milhares de testes e estudos realizados, deram início às pesquisas tropicalistas, médico-legais, psiquiátricas e antropológicas, determinando a expansão da cultura médica nacional e procedimentos avançados no tratamento de doenças típicas do país. Vultos como Manuel Vitorino, Afrânio Peixoto, Nina Rodrigues, Oscar Freire, Alfredo Brito, Juliano Moreira, Martagão Gesteira, Prado Valadares, Pirajá da Silva e Gonçalo Muniz, projetaram nacional e internacionalmente Faculdade pelas suas atuações de ensino e pesquisa. Também, tendo estado a Bahia, sempre em destaque na política nacional, não poderia deixar a liderança, justificada pela profunda formação humanística dos mestres e sua influência na comunidade.Assim, os salões da faculdade serviram de palco para acirradas discussões, agitados debates e até mesmo lutas armadas, que marcaram decisivamente os rumos tomados pelo contexto social e político nacional - como na Guerra do Paraguai, na Guerra de Canudos e na Segunda Guerra Mundial.
Todo o precioso acervo histórico da Faculdade, de sua fundação até os dias de hoje, foi recolhido e catalogado pela Universidade Federal da Bahia para compor o extraordinário acervo do Memorial da Medicina da Faculdade de Medicina da Bahia, organizado no Reitorado Macedo Costa. Desde 2 de março de 2004, foi iniciado o processo de transferência da Faculdade de Medicina da Bahia (FMB) para a sede antes ocupada exclusivamente pelo Memorial. Portanto, na atualidade, a sede no Terreiro de Jesus voltou a abrigar a diretoria e a secretaria geral da FMB, bem como os programas de extensão. Ocupando os 9 salões da antiga Escola, o Memorial é o mais importante documentário do ensino médico do Brasil. Mais de 5.300.000 páginas de documentos incluindo teses, pedidos de matrículas, pesquisas e experiências de gerações de cientistas vêm se juntar ao notável patrimônio onde se destacam livros raros dos séculos XIV ao XIX - inclusive a raríssima coleção completa da Flora Brasiliensis, de Martius -, alguns em latim, outros versando sobre alquimia, a pinacoteca com mais de 200 retratos de mestres pintados por famosos artistas baianos - a maior da Bahia -, e o suntuoso mobiliário que está principalmente no Salão Nobre e na Congregação. Em 11 de Novembro de 2003, a Congregação aprovou o retorno ao antigo nome da Faculdade, como adotado pela Reforma da Regência Trina de 1832: Faculdade de Medicina da Bahia. Essa proposta foi aprovada por aclamação pelo Conselho Universitário (CONSUNI) da Universidade Federal da Bahia (UFBA) em 19 de março de 2008 (Portaria), e a partir de então a sigla da Faculdade de Medicina da Bahia/Universidade Federal da Bahia é FMB-UFBA.
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